Chương trình Tiên Tiến
Năm 2006, được Bộ GD- ĐT giao nhiệm vụ mới là phát triển việc đào tạo các chương trình hoàn toàn bằng Anh ngữ, đồng thời bổ sung kỹ năng tư duy độc lập và phát triển khả năng sáng tạo cho sinh viên, Khoa Công nghệ thông tin triển khai Chương trình tiên tiến Khoa học máy tính hợp tác với trường Đại học Portland – Hoa Kỳ, đây là một trong mười chương trình tiên tiến đầu tiên trong cả nước
Chương trình Việt Pháp
Nhằm giúp sinh viên có cơ hội tiếp cận nền giáo dục tiên tiến của Pháp, Khoa đã triển khai chương trình Cử nhân liên kết với Đại học Claude Bernard Lyon 1. Tham gia chương trình này, sinh viên sẽ nhận được bằng tốt nghiệp của Trường Đại học Khoa học tự nhiên và Trường Đại học Claude Bernard Lyon 1, đồng thời cũng có cơ hội nhận học bổng Thạc sỹ tại Pháp.
Chương trình Chất lượng cao
Với mục tiêu đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, đáp ứng nhu cầu của các doanh nghiệp trong và ngoài nước, Khoa Công nghệ thông tin triển khai tuyển sinh chương trình đào tạo theo học chế tín chỉ, kiểm định theo tiêu chuẩn AUN-QA khóa đầu tiên vào năm 2013. Trong chương trình đào tạo này, sinh viên sẽ được học tập trong những lớp học có sỉ số ít, được tiếp cận các trang thiết bị, cơ sở vật chất hiện đại và được tăng cường tiếng Anh hoặc bổ sung tiếng Nhật.